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人間だったら考えて

考えて考えて人間だったら考えて

分子構造可視化ソフトウェアChimeraにオリジナルのpresetを登録する.

この記事は何?

分子構造可視化ソフトウェアの1つにChimeraというものがあります. 例えばタンパク質の立体構造を読み込むと下のような図を描画してくれます(PDBID: 1LCI).

f:id:sz_dr:20160803162137p:plain

この図からいくつかコマンドを叩くと下のような綺麗な図も描くことが出来ます.

f:id:sz_dr:20160803162321p:plain

上の図から下の図になるようにコマンドをいちいち叩いていると大変なので,自動化しておきたいところです. そこでこの記事ではコマンドをpresetとして登録する方法を紹介します.

流れ

スクリプトを保存する

先ほど紹介した綺麗な図は以下のようなコマンドを叩くと作れます.

set bgColor white
set silhouette
color gray coil
color gold strand
color dark cyan helix
ribrep edged
ribrep smooth
ribrep edged strand
ribrep flat
ribinsidecolor white
light mode ambient

まずはこのスクリプトambient.preset.cmdという名前で保存しましょう.

保存先のディレクトリはどこでも良いと思いますが,Chimeraをインストールした直下にpresetsというディレクトリを作って入れておくと便利です.

保存したスクリプトディレクトリを登録する

Chimeraのツールバー ⇒ Presets ⇒ Add Custom Presetsをクリックすると,下のような画面が現れると思います. f:id:sz_dr:20160803163057p:plain

AddボタンをクリックしてSaveボタンをクリックし,Chimeraを再起動すると先ほどのスクリプトが登録されているはずです.